La nivelul Serviciului Afaceri Europene, Relaţii Internaţionale şi Schengen funcţionează Compartimentul Programe Europene (CPE).
Acesta gestionează programe/proiecte sau componente ale acestora cu finanţare europeană de care beneficiază Jandarmeria Română sau în care instituţia deţine calitatea de partener în proiect, printre care: Prevenirea şi Combaterea Criminalităţii (ISEC), Instrumentul pentru Stabilitate (IfS) şi Instrumentul European pentru Vecinătate şi Parteneriat (ENPI). De asemenea, CPE a gestionat şi gestionează proiecte cu finanţare prin Asistenţa Oficială pentru Dezvoltare (ODA).
Acesta a organizat şi coordonat activităţile în cadrul mai multor proiecte cu finanţare europeană de tip PHARE, TAIEX şi MATRA.